菌床栽培（きんしょうさいばい）とは、菌床（オガクズなどの木質基材に米糠などの栄養源を混ぜた人工の培地）でキノコを栽培する方法である。本稿では子実体を食用または薬用とするために日本国内で商業生産されるキノコに関し記述する。菌床栽培を行うキノコはほとんどが腐生菌のうち落葉分解菌、木材腐朽菌で、その中でも栽培が容易な菌種あるいは、身近に存在していた菌種から栽培が行われた。根生菌(菌根共生菌)類の場合は、共生主となる植物が必須で容易に菌床栽培は行えない。栽培条件には、様々な変動要素があり、キノコの品種と共に一連の技術には数多くの特許が出願され成立している。食味はキノコの種類によっては「天然」「原木栽培」に若干劣るとも言われるが、ヒラタケ、エノキタケ、マイタケのように低価格と人工栽培特有の形状と食味は天然物にはない優位点でもある。現在では、栽培可能なキノコの種類は多様化し、キノコの種類によっては年間に4～8回転の収穫が可能で年間を通じ流通させることが可能となった。1886年和歌山県生まれの森本彦三郎は、当時マッシュルーム栽培の先進地であったフランス、アメリカでマッシュルーム栽培の最新知識と技術を17年間学び1920年帰国する。森本彦三郎は、そこで学んだ『「純粋培養種菌」によるキノコ栽培』を広めると共に、マッシュルーム栽培と缶詰の輸出事業を行いつつ、研究を重ね未利用資源(産業廃棄物)としてのオガクズを有効利用することを考え、エノキタケの「おがくず人工栽培法」(菌床栽培法)を1928年考案した。当時、エノキタケ栽培に使用する原料木が不足し生産農家が苦労していたことも背景に有るとされている。更に、エノキタケのビン栽培法は1931年に長野県の松代町(現在の長野市松代)で屋代中学(現在の長野県屋代高等学校・附属中学校)の校長、長谷川五作の指導で始められ、1950年頃には同地域の重要な産業にまで育ち全国に広まった。当該技術の普及と発展の背景はいくつかある、などの複合した理由が存在している。
更に、キノコ自体の商品価値も高かったことから、発展したのが当該技術である。各々の菌種（キノコ）毎に最適な環境は異なるが、基本は天然環境を室内に再現することでもある。室内で栽培することで「光」「温湿度」「二酸化炭素」を管理し、外部環境の影響を受けにくい環境を作り出せるので、安定した品質と収穫量を得ることができる。反面、培地の高温滅菌や最適な生育条件を作り出すため「滅菌後の冷却」「冬は暖房」「夏は冷房」と多くのエネルギーを必要とする。「害虫と害菌」の侵入を阻むため、生産現場によっては食品加工工場と同程度かそれ以上の衛生管理と「エアーシャワー」「紫外線殺菌灯」などによる対策を行い、「菌糸体の培養蔓延」から「子実体の発生」および「収穫」まで全ての過程を管理された屋内で行う。一部では、育成室を滅菌雰囲気として、可能な限り害菌の影響を排除する取り組みも行われている。このような理由から、通常は農薬を使用しない。大規模な生産者では、クリーンルーム内で生産を行っている。一方、「菌糸体の培養蔓延」の期間のみを管理された室内に置き、子実体の発生が始まる前に林地に埋設したり、温湿度を管理せず自然に任せるような育成場所に移動させて子実体を発生させる場合もある。栽培方法によらず、キノコ栽培に悪影響を与える主な生物。(植物類は除外)「木質基材」「栄養源」「水」で構成される。木質基材の樹種および砕粒度は、菌糸体の成長と子実体の発生量を大きく変動させる要因である。キノコの種だけでなく品種と栽培環境毎に適正とされる混合比で各々の原料を混ぜ菌床をつくる。エノキタケの瓶栽培では、一回の発生と収穫が終わったら菌床は再使用されず廃棄され、ほとんどが堆肥原料などに利用される。ナメコ、マイタケ、シイタケなどでは一回の発生と収穫が終わった菌床がそのまま再利用されることもある。おもなキノコ別の一般的な木質基材コーンコブミール（Corncob meal）:トウモロコシの穂軸粉砕物、コットンハル（Cottonseed hull）：綿実を挽き割った後に残る殻。「混合撹拌」「充填」「滅菌」「放冷」「種菌接種」「育成」「子実体発生」「収穫」の過程を経る。ほとんど全ての生産過程は規模の差はあっても機械化がされている。主な容器形状と適用例は、北海道立林産試験場

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