第5回日本フットボールリーグは、2003年3月30日から同11月23日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。大塚製薬サッカー部が優勝した。2003年シーズンのJFLのクラブは以下の通りである。このうち佐川印刷SCが前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。また横河電機がクラブ化し、横河武蔵野FCとなった。前期終了時の上位2チームに第83回天皇杯の出場権が与えられる。備考上位2位のチームがJリーグへの参加を希望していなかったため、この年はJ2に加盟するチームは無かった。ジヤトコが、この年限りでチーム解散となり、JFLから脱退することとなった。撤退により1チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。レギュレーション変更により、全国地域リーグ決勝大会1位のザスパ草津がJFLへの自動昇格となった。レギュレーション変更により、JFL16位のFC京都1993と全国地域リーグ決勝大会2位の群馬FCホリコシが入れ替え戦を行う事となった。この結果、2戦2勝とした群馬FCホリコシがJFLへ昇格、敗れたFC京都1993は地域リーグ（関西サッカーリーグ）降格が決定した。7月6日から11日にかけてミャンマーとインドネシアで遠征を行った。

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