指揮幕僚課程（しきばくりょうかてい）とは、自衛隊において上級指揮官・幕僚の育成を目的として設置されている教育課程である。旧日本軍の陸軍大学校及び海軍大学校に相当する。東京都目黒区にある陸上自衛隊幹部学校・海上自衛隊幹部学校・航空自衛隊幹部学校にそれぞれ開設されており、教育期間や教育内容など細部に相違点がある。近年では、米国やアジア諸国を中心に留学生を受け入れている。当課程を修了した者が、所謂キャリア官僚相当の処遇を受けると言われている。本課程修了者の人事上の取り扱いは陸海空で異なる。陸上自衛隊は人事が地方扱いから中央（陸幕）扱いになり、特段の理由がない限り1佐（三）まで昇任する。海上自衛隊は幹部自衛官人事そのものが中央（海幕）扱いであり、指揮幕僚課程を修了しても将来の昇任が保障された訳ではなく、当該課程の修了者でも2佐で退官する者も少なくない。一時期は同課程を修了しなければ艦艇の運用能力や業務処理能力が高くとも1佐への昇任はほとんど認められず、陸・空自の扱いに近くなった時もあったが、その後、指揮幕僚課程を修了しているかどうかは人事、特に2佐又は1佐への昇任の際には参考にする程度の扱いに下げられた。昇任の資格が無い航空自衛隊における人事は陸とほぼ同様であるが、当該課程修了者が1佐になる割合は陸と海の中間くらいである。将官に昇任するためには、本課程もしくは技術高級課程（TAC）の修了は最低条件であり、その中からさらに選考されて幹部学校幹部高級課程・統合幕僚学校一般課程・防衛研究所一般課程(高級3課程)のいずれか、または同盟国・友好国における同様の学校（アメリカ陸軍指揮幕僚大学、等）・研究機関等へ入校・留学することが基本的条件となる（医官など一部の職種を除く）。なお、防衛駐在官（旧軍や諸外国軍の駐在武官に相当）は指揮幕僚課程（または陸上自衛隊小平学校の「防衛駐在官集合教育」）修了者で占められていることから、合格するためには陸海空ともに高度の外国語能力を必要とする。

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