長野県を管轄しており、長野市に設置されている本庁のほか、上田・佐久・松本・諏訪・飯田・伊那に支部を設置している。2008年1月10日、大阪発長野行きの特急に乗った松島隆二副検事が、下車予定だったJR松本駅を本人の過失で乗り過ごしたにもかかわらず、「裁判に間に合わないからなんとかしろ」と車掌に申し立て、田沢駅で臨時停車させたという、非常識な事件が起こった。その後、松島副検事の代わりに、当時の髙森高德次席検事（前和歌山地方検察庁検事正、長野県東御市出身・長野県丸子実業高等学校 OB）がお詫び文を伝えている。なお、松島副検事は2008年4月1日付で福岡区検察庁へ異動した。2006年度から2009年度にかけて、刑事事件の証拠品のうち所有者不明のものについて、随意契約で売却を実施したが、その際、買取業者に対し、他の業者の見積書も用意させるという、不適切な依頼を行っていたことが判明した。

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