第78回全国高等学校サッカー選手権大会は、1999年12月30日から2000年1月8日まで10日間にわたって行われた全国高等学校サッカー選手権大会である。市立船橋が、全試合無失点の堅守を誇り、優勝している。今大会より、国立霞ヶ丘陸上競技場での開会式に引き続き開幕試合を行うようになった。この年は組み合わせ抽選により、東京都（開催地特例で2校選出）のうちの1チームの試合を割り当てた。（このため、12月31日開催の1回戦残りの試合で、1試合のみの開催となった会場がある）駒沢陸上競技場県営大宮公園サッカー場三ツ沢公園球技場千葉総合運動場陸上競技場千葉総合運動場陸上競技場県営大宮公園サッカー場

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