2号系統（2ごうけいとう）は、長崎市の赤迫を起点とし、松山町、長崎駅前、築町、西浜町、公会堂前を経て、蛍茶屋へ至る長崎電気軌道の運転系統である。方向幕は白色（□）。路線では赤迫支線（赤迫 - 住吉）と本線（住吉 - 西浜町）と蛍茶屋支線（西浜町 - 蛍茶屋）に本系統が運行される。2号系統は、元々は浦上車庫前を起終点とした定期系統であり、1964年頃には日中時間帯は10分間隔で運転されていた。浦上車庫の現在の0番線付近に待避線があり、これを折り返し線として使用していた。1968年6月の正覚寺下延長を機に、経営再建のための合理化に伴い、定期系統から臨時系統に変わり、徐々に減便され、朝ラッシュ時と深夜のみの運転となり、現在では深夜のみとなっている。浦上車庫前の待避線は1971年5月頃に廃止されている。3号系統に比べて距離が長く、遠回りとなるため、他の系統と比較して運行本数が非常に少なく、2014年（平成26年）現在では通常深夜1往復のみの運行である。ただし、越年時は初詣電車として深夜に約10分間隔で運行されるほか、何らかの理由により桜町支線が通行止めの場合は3号系統から振り替えて運行される。他にも大波止や築町といった利用者の多い電停を通るためまれにイベント等の時に臨時運行される。3000形がデビューした当初、3000形専用ダイヤの蛍茶屋行きは2号系統で運行されていた。現在は2号系統の運行はなく、全て3号系統で運行されている。

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