2003年度新人選手選択会議（2003ねんどしんじんせんしゅせんたくかいぎ）はに行われた第39回のプロ野球ドラフト会議である。11月19日14時より新高輪プリンスホテルで行われ、60選手の交渉権が確定した。大阪近鉄バファローズにとっては最後のプロ野球ドラフト会議となった。

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