1969年のアトムズのユニフォームは「アトムズ」と名乗っていた1969年とヤクルトアトムズ初年度の1970年の2年間にわたり使用していたユニフォームのうち、アトムズ時代の1969年の前半のみ使用していたユニフォームの事を指す。1969年後半から1970年使用のユニフォームは若干のマイナーチェンジが施され、また、1971年からは読売ジャイアンツのユニフォームにそっくりなデザインにモデルチェンジしたため、当該ユニフォームの補足事項として扱う。帽子は青、帽子yaマークのyがコバルトグリーンでaが赤（いずれも白縁）。ユニフォームはホームが白、ビジター用が水色、アンダーシャツとストッキングが青、ベルトはホーム・ビジター用共に青。ホーム用の胸ロゴ「atoms」、ビジター用の胸ロゴ「yakult」、胸・背番号は赤で白縁。ライン（配色は白地に青・白・赤）は袖、ズボンに二本、首周りとベルト通し縁部分に一本。左袖にホーム用が白地に左が赤、右がコバルトグリーンの楕円囲み中央に赤文字で「yakult」のロゴマーク、ビジター用がホーム用の「yakult」と記された部分に赤で描かれた空を飛ぶ鉄腕アトムのイラスト。このユニフォームから背番号の上にアルファベット表記でネームが付く（配色は胸ロゴ、背番号等と同じ）。1969年にヤクルト本社が資本参加を表明、翌1970年に正式譲渡されヤクルトが親会社となり、現在の東京ヤクルトスワローズに至っているが、1969年のみヤクルト本社とフジサンケイグループの共同経営という形を取る事として「アトムズ」と名乗って公式戦に臨んだ。このため1969年からユニフォームのビジターのロゴが「sankei」から「Yakult」に変更された。2008年5月3日～5日に明治神宮野球場で行なわれた対巨人3連戦、ならびに5月21・22日に西武ドームで開催されたセ・パ交流戦、対西武戦で、ヤクルトは1969年前半のみ使用されたビジター用の復刻版ユニフォームを着用した。先述の対巨人3連戦は「ヤクルトアトムズ復活シリーズ祭」と銘打たれ、これはヤクルトの球界参入40周年ならびに当時のチーム名およびペットマークである鉄腕アトムの原作者・手塚治虫の生誕80年を記念して開催されたもので、このユニフォームが39年ぶりに復活することになった。

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