システム工学研究科（システムこうがくけんきゅうか）は、人間と自然とが混在した現代社会のシステムに関連した課題に対し多様な対応を成す技術者を育成し、教育研究を行う大学院の研究科である。日本では、近畿大学大学院、和歌山大学大学院に設置されている。両校ともクラスター制を採用しており、和歌山大学大学院ではコミュニケーション科学、知能メディアシステム、デザイン科学、知的計測、光マイクロシステム、ナノエレクトロニクス、物質科学の技術工学系のクラスターと環境社会情報の技術工学と農学生命科学系が合併したクラスターとが開設されている。また近畿大学大学院では、理学系の生物化学、工学系の建築都市、機械システム、電子情報システムという4つのクラスターが開設されている。

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