2000年のJリーグカップは4月12日に開幕し、11月4日迄の日程で行われた大会である。優勝は鹿島アントラーズ（3年ぶり2度目）。ヤマザキナビスコを冠スポンサーとしてJリーグヤマザキナビスコカップの名称で開催された。2000年のJリーグカップのレギュレーションは以下の通りである。下表の「チーム #1」が第1戦のホームチーム。一部の試合を除き、第1戦が4月12日に、第2戦が4月19日に行われた。横浜 - 広島戦を除き、第1戦が7月5日に、第2戦が7月12日に行われた（横浜 - 広島は6月28日・7月5日に開催）。第1戦が8月30日に、第2戦が9月6日に行われた。第1戦が10月11日に、第2戦が10月18日に行われた。決勝は、初のタイトルを狙う川崎フロンターレと、3度目の決勝進出となった鹿島の対戦となった。この年のニューヒーロー賞を獲得した鹿島のFW鈴木隆行は、ナビスコカップ開始当初はレンタル移籍で川崎に所属しており（川崎の選手としては同大会2試合出場無得点）シーズン途中で鹿島に復帰。決勝では古巣との対戦となった。試合では攻守にわたって鹿島が圧倒、2-0で鹿島が4年振り2度目の優勝を果たした。

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