キリスト教主義学校（キリストきょうしゅぎがっこう、）は、キリスト教の教えを教育理念とし設立され、運営されている私立学校をいう。学校の管理・運営者をキリスト者とし、聖書やキリスト教神学を科目として教え、礼拝などのキリスト教活動を学校行事とすることで、キリスト教の感化を及ぼすことを目的としている。なお、カトリック系学校を特に「カトリック学校」と呼ぶ場合がある。多くのキリスト教主義学校は、明治維新直後に欧米諸教会の伝道局（ミッションボード）により設立されたことから、「ミッションスクール」と呼ばれていた。その後、日本人キリスト者による自主運営に移管され、ミッションからの独立が進んだ今日でも、キリスト教系学校の総称として「ミッションスクール」が定着している。聖書の教育に加え、語学（プロテスタント系学校は英語、カトリック系学校はフランス語）、音楽、世界史などのリベラルアーツ教育を行い、特に婦女子に対する教養教育については開拓的役割を得た。明治から大正へと時代が進むにつれ国家の枠組みが着々と整備され、神道を重んじる教育が重要視されるようになった。この風潮の中では西洋文化を範とした教育を成すキリスト教主義学校は困難な学校運営を強いられ、建学の精神の象徴でもある「神学部」の廃止や「学校礼拝」の禁止等、政府による厳しい統制下におかれた。現在では、キリスト教主義学校の多くが、幼稚園から大学までを有する総合学園となっている。また、プロテスタント系学校は高等教育機関が多く、カトリック系学校は初等教育機関が多い特徴がある。今日、多くのキリスト教主義学校では、設立以来の歴史にもかかわらず、キリスト者の教職員が少数であることが問題点として指摘されている。教員もしくは学校のトップがキリスト者でなくてはならないという規定（「クリスチャン・コード」）を維持している学校は多くない。このため、例えば、教会の礼拝に出席することを勧めるべき日曜日の午前中に、信仰とはかかわりない学校行事を組み入れるなど、矛盾が生じている。さらに、学校内でもたれる礼拝の説教もしくは奨励を担当する者がキリスト者ではないという事態も起こり、これを礼拝と呼びうるか、疑問視される例も多い。

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