1998/1999 ISUジュニアグランプリシリーズ（1998/1999 ISU Junior Series of Figure Skating）は、国際スケート連盟が承認するフィギュアスケート・アイスダンスにおける1998-1999年シーズンのISUジュニアグランプリの総称。前シーズンに全7大会で創設されたISUジュニアシリーズは、当シーズンより全9大会となり、名称もISUジュニアグランプリに変更した。当シリーズでは、8大会での総合成績が上位となった男子シングル、女子シングルの各8人とペア、アイスダンスの各6組がJGPファイナルに進んだ。

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