補助機関（ほじょきかん）は、行政機関における執行機関の事務を補助するためにおかれる機関である。国の機関における補助機関は、内閣法（昭和22年法律第5号）に基づき内閣に内閣官房（内閣官房長官・内閣官房副長官・内閣危機管理監・内閣官房副長官補など）が設置されるほか、国家行政組織法（昭和23年法律第120号）に基づき各省庁に副大臣、大臣政務官、事務次官、事務官、技官などが置かれる。地方公共団体における補助機関は、地方自治法（昭和22年法律第67号）に基づき、副知事や副市町村長、職員（平成19年4月改正地方自治法施行前における事務吏員、技術吏員、その他の職員）、会計管理者、出納員などが置かれ、地方公共団体の長が指揮監督する。普通地方公共団体の長は、その権限に属する事務の一部をその補助機関である職員に委任し、又はこれに臨時に代理させることができる（）。

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