本尊（ほんぞん）は、仏教寺院や仏壇などに最も大切な信仰の対象として安置される仏像・経典・仏塔、お守りとして身辺に常時携帯されるもの、仏や菩薩などの彫刻・絵画・曼荼羅（まんだら）・名号などをいう。また比喩として派生した用法として、などにも用いられる。「三本尊(sku gsung thugs sum,ten gsum)」という分類では、仏の身体を表す本尊として仏像や仏画、仏のことばをあらわす本尊として経典の冊子や経巻、仏の心をあらわす本尊として仏塔が提示される。『大毘盧遮那成仏神変加持経』（大日経）では、本尊という名称と概念を次のように説く。日本では鎌倉仏教の時代に、日蓮によって以下の3つの意義を要件として教義とするようになる。これは、日蓮の最もライバルとして意識していたと思われる空海の興した真言宗への対抗意識のなせる業ともいわれている。日蓮宗系各宗派の立てる本尊である大曼荼羅の字体は、真言宗自家薬籠中の梵字（悉曇文字）への近接が窺われる。以下に日本仏教における主要な各宗派の本尊を示す。南都六宗の本尊は寺によって異なる。天台宗は、円（天台）・密（密教）・禅（禅宗）・戒（戒律）の四宗を相承した最澄によって日本へ伝えられた宗派であり、本尊も各寺院によってさまざまである。また、真言宗の中心的尊格は大日如来だが、各寺院の本尊は釈迦如来、阿弥陀如来、薬師如来、観音菩薩、不動明王などさまざまである。これは全ての仏は宇宙の真理の象徴であり、法身である大日如来が姿を変えて現われたものとする観念に基づく。

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