第2回ジャパンフットボールリーグは1993年度に開催されたジャパンフットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。優勝は1部がフジタサッカークラブ、2部が本田技研工業サッカー部であった。今シーズンからJFLに参加するクラブの中から、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）が定める基準をクリアしたクラブに対してJリーグ準会員という資格を与えた。準会員にはJリーグカップ、サテライトリーグの出場資格が与えられ、この準会員資格を持ったクラブがJFL1部(J1)で2位以上の成績を収めれば、Jリーグへの参加を認める事になった。こうして実質的にJリーグにクラブを送り出す、下部リーグ（セミプロリーグ）としての性格を強く持つ様になった。1部(J1)の優勝の行方は中山雅史、吉田光範らの日本代表選手を擁するヤマハFCジュビロ磐田（現ジュビロ磐田）と前年の天皇杯ベスト4のフジタ（現湘南ベルマーレ）に絞られ、最終節の直接対決によって決する状況であったが、フジタは第17節までにヤマハとの得失点差を19に広げており、その優位は動かしがたい状況であった。そして9月5日のヤマハ東山サッカー場で行われた試合の結果、フジタが1-0でヤマハを退け初優勝を成し遂げた。しかし、これですんなりJ昇格という訳には成らなかった。ヤマハが1991年にプロリーグ参加候補から落選した苦い経験から、全ての問題をクリアにしていたのに対し、フジタはホームスタジアムとして使用している平塚競技場の整備が遅れた事が災いし、昇格は保留され、リーグ戦5位と低迷した柏レイソルが候補として再浮上。新たにナビスコカップの成績も選考材料に加えられる等、昇格争いは混迷を続けたが最終的に11月の理事会によってフジタとヤマハのJ昇格が決定した。JFL1部はJ1と呼ばれる。JFL2部はJ2と呼ばれる。

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