『マクロスM3』（マクロスエムスリー）は、2001年2月22日に発売されたドリームキャスト用の3Dシューティングゲーム。『マクロス VF-X2』などのPlayStation用のマクロスシリーズの3Dシューティングと同様に、可変戦闘機を操作して8エピソード（計18ステージ）のミッションをクリアしていく構成となっている。可変戦闘機の3形態（ファイター、ガウォーク、バトロイド）ごとに機動力・攻撃力の長短があり、プレイ中の状況に応じて臨機応変に使い分けることが必要とされる。従来のマクロスシリーズで映像化されていない時代（2014年 - 2030年）を舞台にしており、河森正治、美樹本晴彦、板野一郎らシリーズの主要クリエーターも参加している。ドラマパートではマクシミリアン・ジーナスとミリア・ファリーナ・ジーナスら夫妻の家族愛を通し、『超時空要塞マクロス』から『マクロス7』に至る流れが理解できる。また、設定やイラストのみで映像作品に未登場だった可変戦闘機を使用できることもセールスポイントの1つで、VF-3000 クルセイダーやVF-9 カットラスは本作のために河森正治がデザインをリファインしている。通常版の他、初回限定のキャンペーン・リミテッドボックス版も発売された。特別仕様のパッケージにラミネートカードが付属する。第一次星間大戦によって焦土と化した地球で、わずかに生き残った人類はゼントラーディ人と共存社会を築き、種の保存のために2012年から宇宙移民計画を推進する。生活圏の拡大により再び平和な時代が訪れたかに見えたが、体制に従おうとしない一部のゼントラーディ人は辺境部の惑星で武装勢力を結成し、テロやゲリラ活動が活発化する。事態を憂慮した統合軍は、正規軍では対処困難な作戦にあたる特務部隊ダンシング・スカルを編成し、エースパイロットのマクシミリアン・ジーナスとミリア・ファリーナ・ジーナスら夫妻をその任に就かせた。ダンシング・スカルは巡洋艦アルゲニクスに所属し、諜報部の極秘情報を受けて紛争地帯へ急行する。部隊の性質上、友軍の支援は望めないが、統合軍の誇るジーナス夫妻は過酷な状況を楽しむように戦場を舞う。そして、惑星クラストラニアの戦闘においてゼントラーディ人の少女兵モアラミア・ジフォンを捕獲したジーナス夫妻は、モアラミアを養女かつ1人の兵士として育てることを決意する。プレイヤーは各エピソード前にブリーフィングで作戦概要を指示された後、使用機体とキャラクター（マックス、ミリア、モアラミア〈エピソード4以降〉）、プラグイン（オプション装備）を選択する。使用可能な機体とプラグインは前エピソードのスコアやクリアタイム次第で増えるため、作戦遂行以外にこれらの要素も重要となる。性能が高い機体ほど、プラグインの搭載キャパシティーも多い。ストーリーモードの各エピソードは2ないし3のステージ構成で、制限時間内に任務を遂行できれば次に進める。ただし、各エピソードの第1ステージ（エピソード4のみ第2ステージ）は制限時間の20％以上を残してクリアしないと、次ステージがスキップされる。ゲーム中スキップを起こさなければ最終エピソードの展開が「GOOD END」になり、一度でもスキップすると「BAD END」になるというエンディング分岐方式を採っている。この他、一度クリアしたステージをプレイできるフリーミッションモードも用意されている。操作系は、基本的に前方にいる敵機を複数ロックオンできる（同時ロックオン数は機体性能による）。特殊機能としてブースト・サーチボタンを使うと、ファイターモードやガウォークモードでは瞬発的な加速、バトロイドモードでは敵機の自動補足が行われる。また、ボタンの組み合わせによって緊急回避、ミサイル一斉発射、フレア散布などの特殊アクション（テクニカルコマンド）が実行できる。どちらも使用限度があり、画面上のゲージで表示される（使用しなければゲージが回復する）。ナレーションは『超時空要塞マクロス』同様、小原乃梨子が担当している。

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