滋賀院（しがいん）は、滋賀県大津市坂本にある天台宗の寺院で比叡山延暦寺の本坊（総里坊）である。滋賀院門跡（ - もんせき）とも称する。本尊は薬師如来。この寺は、1615年（元和元年）江戸幕府に仕え「黒衣の宰相」とも称された天台宗の僧天海が、後陽成天皇から京都法勝寺を下賜されてこの地に建立した寺である。滋賀院の名は1655年（明暦元年）後水尾天皇から下賜されたものである。滋賀院御殿と呼ばれた長大な建物は1878年（明治11年）火災により焼失し、比叡山無動寺谷法曼院の建物3棟が移されて再建された。

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