農薬における殺菌剤とは、植物に対する病原性を有する微生物を殺す、または増殖を抑止するための薬剤をいう。植物病原菌には細菌よりも真菌（カビ類）が多いので、英語ではFungicide（"殺真菌剤"、防かび剤）と総称することが多い。農薬としての殺菌剤の歴史は19世紀後半に始まる。フランスのボルドー地方でボルドー液（硫酸銅、生石灰を水と混合して作る）がブドウのべと病などに効くことが偶然発見された（もとはブドウの盗難防止用だったという）。同じころ石灰硫黄合剤も多くの病害に効くことがわかった。これらは現在でも使われている。日本では古来特に重大な病害としてイネのいもち病があり、これを防除する方法が1930年代頃から行われ、種籾をホルマリンで消毒する方法などが用いられるようになった。第二次大戦後は有機水銀剤がよく使われたが、1960年代に水俣病の原因が有機水銀（別種）であることなどから危険性が指摘され使用禁止となった。いもち病にはそれに代わりブラストサイジンやカスガマイシンなどの抗生物質が発見・開発され用いられるようになった。また1950年代にはジチオカーバメート系、1960年代にはアゾール系やベンズイミダゾール系など多くの病害に有効な薬剤が開発された。最近でもQoI剤など新しいものが開発されている。例として以下のようなものがある。なお、収穫後の果実等に用いる（いわゆる「ポストハーベスト農薬」）防かび剤もあるが、これらは日本では農薬でなく食品添加物として扱われる。設備・機器の殺菌、木材など工業製品の防腐に用いる薬剤を殺菌剤という。藻類の発生を防ぐ殺藻剤（防藻剤）などを含めることもある。塩素系殺菌剤(次亜塩素酸ナトリウム、塩化イソシアヌル酸)や木材用防かび剤 (防黴剤＝ぼうばいざい、イミダゾール系など)が用いられる。有機水銀には多くの種類があるが、有機水銀の一種が東京大学大学院農学生命科学研究科付属農場（東京都西東京市緑町1-1-1）の実習田で、1997年から1999年にかけて使用されていたことが判明し、社会問題となった。この場合は、1973年に農薬取締法で使用が禁止された「酢酸フェニル水銀」であった。これを苗床にまく前の種もみを消毒するために使用された。かつて酢酸フェニル水銀はイネいもち病の薬剤（殺菌剤）として広く使われていた。もちろん、種もみが直接食用米として流通することは通常あり得ないが、人為的な事故によって、食用米として人間の口に入る危険性を考えることはできる（種もみが食用米として利用され、被害が発生した例は過去実際に存在する）。ただし、酢酸フェニル水銀は体内で分解されやすく、尿の成分として排出されてしまうことが多いので、水俣病で問題となったメチル水銀のように神経系の障害を引き起こす恐れは低いとされる。この事例については、東京大学が一般公表した広報に詳しい。使用禁止農薬＝販売禁止農薬　「登録失効も禁止農薬」農薬取締法違反案件「東京大学案件」注参照http://www.maff.go.jp/j/nouyaku/n_sizai/houritu_ihan.html農薬取締法違反案件http://www.maff.go.jp/j/press/syouan/nouyaku/081003.htmlhttp://www.maff.go.jp/j/press/syouan/nouyaku/081027.html

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