『メトロイドプライム』（"METROID PRIME"）は、レトロスタジオ開発、任天堂発売のニンテンドーゲームキューブ専用ゲームソフト。『メトロイドシリーズ』の『プライム』三部作の第一弾。時系列は『メトロイド』と『メトロイドII』の間で、ストーリーはメトロイドと、フェイゾンという物質が深く関わる話となっている。今作は主人公であるサムスの視点（主観視点）によるプレイ、ファーストパーソン・シューティング方式が採用されている。また謎解き要素が非常に多くアイテムや仕掛けの種類がRPG作品並みに多いのも特徴。『プライム』シリーズ三部作の中で唯一CEROの対象年齢A（全年齢対象）とされている作品で、Wii版でも変更されることがなかった。2009年2月19日に『Wiiであそぶ メトロイドプライム』としてWiiに移植された。『Wiiであそぶセレクション』版では一部の仕様が、『メトロイドプライム3 コラプション』を基準としたものに変更されている。詳しくは『プライム3』の項も参照。操作はWiiリモコンとヌンチャクにのみ対応しており、他のコントローラおよびWiiリモコン単体には対応していない。操作方法は『プライム3 コラプション』とほぼ同様であり、Wiiリモコンのポインタで照準と視界を調整し、GC版と違い攻撃しながらサムスを動かすことも可能。ビームの種類変更はバイザー変更と同様の方法で行う。おまけ要素の入手方法もGC版のスキャン率とゲームクリアに応じた解禁から変更され、『プライム3 コラプション』と同様にスキャン率増加やボス敵の撃破などで収集できる「クレジット」を交換して入手し、ゲーム進行（主に新パワードスーツの入手）に応じて交換可能な項目が増えていく。また、『プライム3 コラプション』からの要素として、ゲームクリア後にスキャン率データを受け継いでの2周目プレイが行えるようになり、スキャン率100%への難易度が若干下がっている。『メトロイドフュージョン』との連動要素はカットされたため、初代『メトロイド』は遊べなくなったが、フュージョンスーツでのプレイはゲームクリア後にクレジット交換で可能となる。また、ハードの性能上昇に伴ってGC版に比べて画質が大幅に向上している。サムス・アランの活躍によりスペースパイレーツは全滅したと思われていたが、惑星ゼーベスの軌道上では戦禍を逃れたパイレーツの一団が居た。生き残った部隊は二つの部隊に別れ、一方はゼーベスに再び戻り要塞の再建を目指し、もう一方は新たな星での要塞再建を目指して強力なエネルギー反応のある惑星ターロンIVに降り立った。そこで目にしたものはかつて鳥人族の文明がその場所にあったことを示す遺跡の数々だった。やがて彼らは、謎のエネルギーが遺跡の一つである神殿の地下に封印されている隕石から漏れ出していると知る。後にこのエネルギー物質を「フェイゾン」と名付け、この物質には生物を突然変異させる特性があることが分かったスペースパイレーツは、ターロンIVの生物にフェイゾンを組み合わせる生物実験を始めるとともに神殿地下に封印されたフェイゾンの核である隕石を手に入れようとする。しかし神殿の封印を解くことが出来ず、入手に困難を極めていた。その頃、サムスのスターシップのレーダーがターロンIVの軌道上に浮かんでいるスペースパイレーツの船を発見する。船の内部に進入したサムスは、そこでフェイゾンでの生物実験の結果を目撃する。英語表記はPhazon。生物の遺伝子に影響を与える放射性物質。被曝した生物は死ぬ、もしくは突然変異を起こし、その毒性に耐えられるように身体機能が著しく変化する。基本的には岩石に浸透して鉱石の形になるが、この鉱石は非常に危険な性質を持っており、生身で触れれば、たとえフェイゾンによって突然変異をした生命体でも一瞬にして死に至ってしまう。またサムスが接触しただけでもかなりのダメージを負い、バイザーの危険感知機能から警告文が表示される。パイレーツはこの鉱石を採掘し、仲間のパイレーツやメトロイドに注入して実験を行った。また、この鉱石の中には意思を持つものも存在しており、これをコアとしたサーダスと呼ばれる無機生命体が存在する。通常は毒々しい青色をしているが、濃度の濃いものは赤色(一部攻略本では『フェイゾンマグマ』と表記)や黒色に変色する。なお、ターロンIVと同時期にエーテルでも確認されているが、どちらの惑星もフェイゾンを含有する隕石の襲来によりフェイゾンがもたらされ、その隕石の発生源は、惑星フェイザである。今作の冒険の舞台。ゼーベスと同じ星系の第五惑星。かつては鳥人族が暮らしており、豊かな生態系が存在していた。しかしフェイゾンの隕石が落下したことにより惑星中がフェイゾンに汚染され、生態系が大きく変化した。鳥人族はフェイゾンの核である隕石を封印するためにクレーターに神殿を建造し、12個のチョウゾアーティファクトを鍵として封じ込め、さらにフェイゾンを根絶してくれる者がいつか訪れることを願い、数々の武器を遺跡に配置した。その後パイレーツがこの惑星を発見し、基地を設けてフェイゾンを採掘しさまざまな実験を行っている。元来のメトロイドの舞台であったゼーベスやSR388と異なり、行動範囲は地下に限らず、多種多様なエリアが探索の舞台となる。惑星の質量は5.1兆テラトンである。

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