ジャパンラグビートップリーグ2006-2007は2006年9月1日から2007年1月14日までレギュラーシーズンが行われた。前年（2005-06年度シーズン）までは、リーグ戦とプレーオフの「マイクロソフトカップトップ8トーナメント」は別大会の扱いで、リーグ戦1位チームがリーグ優勝の扱いだったが、本年度より大会の仕組みを変更し、レギュラーシーズンを予選リーグ、マイクロソフトカップを決勝トーナメントと位置づけ、その上でプレーオフ進出枠を上位4チームに減らし、そこで行う「プレーオフ・マイクロソフトカップ」の優勝チームをリーグ優勝とみなす方式にした。レギュラーシーズン首位通過の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップを制し、3連覇を達成した。トップリーグの結果、13位のセコムラガッツ、14位のワールドファイティングブルの地域リーグへの自動降格が決定。以上の結果、1位の九州電力と2位の三菱重工相模原がトップリーグに自動昇格、3位の近鉄ライナーズがトップリーグ入替戦へ進出した。以上の結果、1位のホンダヒートがトップリーグ入替戦へ進出した。秩父宮ラグビー場入替戦の結果、リコーブラックラムズと日本IBMビッグブルーがトップリーグに残留した。2006-2007シーズンの年間表彰式は、2007年2月6日に東京プリンスホテルで実施された。

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