ジャパンラグビートップリーグ2005-2006は2005年9月17日から2006年1月9日までレギュラーシーズンが行われた。来シーズンよりチーム数が14チームになるため今シーズン自動降格チームはなし。以上の結果、1位のコカ・コーラウエストジャパンと2位の日本IBMビッグブルーがトップリーグに自動昇格、3位の近鉄ライナーズの入替戦出場が決定。今シーズンのトップリーグチャレンジ2は、出場チームすべての入替戦出場が決まっている。入替戦の結果、ワールドファイティングブル、セコムラガッツ、リコーブラックラムズ、福岡サニックスブルースがトップリーグに残留した。2005-2006シーズンの年間表彰式は、2006年2月6日に新高輪プリンスホテルで実施された。

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