公訴事実の同一性（こうそじじつのどういつせい）とは、事実に重要な変化のある場合において、訴因の変更を公訴事実の同一性に反しない程度に変更できるという原則である。なお、この項では公訴事実の単一性についても述べることとする。訴因を変更する際には、公訴事実の同一性を害しない程度において、訴因や罰条の追加や撤回、変更などをすることが許される（刑事訴訟法312条）。この規定は、検察官の起訴時の見込みの誤りなどを事後的に救済するという点において、有罪追及のための制度といえる。このように、公訴事実の同一性には、という範囲を決定する4つの概念が存在している。刑事訴訟法第312条従来の通説では、広義の公訴事実の同一性は、公訴事実の単一性と狭義の公訴事実の同一性とに分けて考えていた。この場合の単一性とは、例えば、住居侵入と窃盗が同時に起訴された場合に、これらを一つの起訴と見るかどうか、つまり、訴訟のある時点において、公訴事実が一つであるか、横のつながりがどうであるかの問題である。これに対して、同一性では、異なる時点で比較をし、同じ事実といえるかどうかを問題としている。例えば、窃盗で起訴を行ったが、審理を経て、それが窃盗ではなく盗品譲受けであると判明した場合、事実の変化があっても、手続き上は同一の事実といえるかどうかの問題である。現行法においては、公訴不可分の原則は採用されておらず、訴因制度を採用しており、単一性の機能は不要となっている。広義の同一性については、訴因などの場合にのみ問題となる。その場合、上記の概説で挙げた4つに共通の問題として、異なる時点でのずれの問題であるので、狭義の同一性論で足りると解される。判例は、公訴事実とは犯罪とされる事実関係を示し、その同一性は基本的部分において事実関係が一致しているかどうかによって判断されるとしている。そのうえで、自然的、社会的事実を基準として考えている。起訴状に既に記載されている訴因と、変更する訴因との間に、日時や場所などの基本的な事実関係の同一性ないしは近接性が認められれば、公訴事実の同一性が認められる。そして、一方の事実が認められれば他方の事実が認められないという関係にある場合には、1つの事実しかありえないため、これもまた同一性が認められる。例えば、信用組合の事務員が誤って渡した払戻金を騙取した詐欺の訴因を、帰宅後に財布の中身について尋ねられたにもかかわらず、返還を拒んで着服したとして訴因を占有離脱物横領に変更した事例がある。この事件において判決では、その事実関係において異なるところがないと判示している。つまり、自然的、社会的に同じ行為であれば、窃盗と判断するか詐欺と判断するかは法的な価値観の問題であるので、公訴事実の同一性を害するものではない。そういった点で、判例の考えは、事実は当事者が主張し、法的な評価は裁判所が与えるものであるというものである。訴因は具体的事実であり、公訴事実の同一性は両訴因の比較の問題である。つまり、犯罪を構成する主な要素は行為と結果であることから、そのどちらかが共通していれば公訴事実は同一であるといえる。こうした理由で学説は、変更前と後の訴因を比較し、その行為や結果が重なるときに、公訴事実の同一性があるとしている。また、他の学説には、両訴因の間に、一方が成立すれば他方は成立しないという、刑罰関心の非両立性がある場合に公訴事実の同一性があるとする見解もある。理由としては、この問題の根底には、一度の訴訟で解決すべきであるとの考えがあるためである。

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