熊本市教育委員会（くまもとしきょういくいいんかい）は、熊本県熊本市中央区手取本町1番1号に拠点を置く、熊本市の組織。熊本市内の教育に関連した調査などを行う行政委員会である。組織は教育総務部・学校教育部・生涯学習部などに分かれており、それぞれの部門には教育政策課・施設課・学務課・教職員課・総合支援課・指導課・健康教育課・人権教育指導室・生涯学習課・金峰山少年自然の家・文化財課・社会体育課・中央公民館・熊本市立公民館・熊本市子ども文化会館・教育センター・熊本市立図書館・熊本市立熊本博物館ほか、業務によって課などに分けられている。教育委員会会議の開催のほか、いじめへの対策として意識調査を実施、さらに学校の合併や新設などを行っている。任期4年で、5名（委員長、教育長を含む）。2014年11月現在の委員は以下のとおり。

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