システムデザイン研究科（しすてむでざいんけんきゅうか）は、システム工学などに代表されるシステムデザインの教育研究を目的とした大学院研究科の一つである。首都大学東京や法政大学の大学院に設置されている。同大学院研究科にはシステムデザイン専攻がある。慶應義塾大学の大学院には類似した名称のシステムデザイン・マネジメント研究科があるが、こちらは、システム工学を基盤にしつつ、技術システムのみならず社会システムのデザインやマネジメントも対象にしている。

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