口腔細菌学（こうくうさいきんがく、英語：department of oral microbiology）とは、基礎歯学の一分野で、主に口腔内における微生物及び生態防御機構を取り扱う学問である。元々、口腔細菌学は歯学の一学問として確立され、高度経済成長時には社会的にう蝕（虫歯）が社会問題となったことから、う蝕研究が中心的になされてきたが、現在では、細菌学の領域に留まることなく広く微生物学分野にその研究対象が広がっている。そのため、研究名称では、「細菌学」となると、ウイルス学等が含まれないため、広く微生物（細菌・ウイルス・原虫・クラミジア、リケッチアなど）を対象にした口腔微生物学や病原菌を対象にした口腔病原菌学、口腔感染防御学などと呼称することが多い。これらを研究する研究室は、一般に大学の歯学部に設置されており、細菌学、感染症学、微生物学、ウイルス学、免疫学、それら実習・演習の教育を受け持っている。研究分野では歯科医師（日本歯周病学会認定歯周病専門医や感染症専門医、インフェクションコントロールドクター）が従事しているが、それ以外に理学部、農学部など歯学部以外の人材が研究に従事していることも多く、事実、教員や研究者が歯学部以外の学部出身であることが珍しくない。また、研究内容から、生化学や遺伝学、薬理学、病理学とも共通する点が多く、連携して研究を行うことが多い。臨床歯学では、歯周病科やう蝕治療との関係が深いのも特徴である。また、口腔内や環境中の細菌叢調査なども行っている。なお、歯周疾患を専門とする歯科医師は日本歯周病学会の認定試験に合格すると日本歯周病学会認定歯周病専門医として、歯科衛生士は、日本歯周病学会認定歯科衛生士として、より高度な歯周疾患治療に当ることができ、無論研究にも参画できる。近年の研究で口腔細菌が起因し、全身疾患を発症することが明らかとなり、今後口腔分野と全身分野との連携がますます重要となっている。近年の研究では、口腔微生物と全身疾患の関連性の研究が盛んに行われており、数多くの研究報告がなされている。ただ完全に関連性が解明されている分野でもないため、今後の研究の成果が待たれる。また、歯学部生の中にも元々医学志望（口腔領域以外）であったり、齲蝕などの硬組織疾患以外の歯科専門領域に進みたい学生にとっては興味関心の高い分野であり、口腔細菌学の中で特に学びたい領域とされている。下記に関連性のある疾患を挙げる。など

出典:wikipedia