マニラ海溝（マニラかいこう、Manila Trench）は南シナ海東部の台湾南西沖からルソン島西側にかけて南北に連なる海溝。最深部は約 5,000 m（南シナ海の平均深度は約 1,500 m）。西のユーラシアプレートが東のフィリピン海プレートの下に潜り込み形成された沈み込み帯と考えられている。しばしば地震が発生しており、またルソン島の火山活動もこれによると考えられる。台湾以北およびルソン島南部以南では逆にフィリピン海プレートがユーラシアプレートの下に沈み込んでおり（それぞれ琉球海溝、フィリピン海溝を形成）、これらとの間では両プレートが陸上で衝突している。

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