水産学研究科（すいさんがくけんきゅうか、英称："The Graduate School of Fisheries"）は、日本の大学院の研究科のうち、水産学の高度な教育研究を行う機構の1つである。主に、水産学部の上位に連続した形で設置され、博士前期課程（修士課程）および博士後期課程（博士課程）あるいはそれに相当する課程で構成される。学位は、修士課程は修士（水産学）を、博士課程は博士（水産学）を修めることができ、他は、それに相当する専攻名称等に応じた学位を修める。近年は、生物分野、農業分野、そして環境分野などと融合させた研究を行う研究科も多く見受けられるようになって来ており、研究科名称は必ずしも端的に示す水産学を掲げることは少なくなって来ている。

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