京都賞基礎科学部門（きょうとしょうきそかがくぶもん）は、京都賞の一部門であり、優れた業績を上げた科学者に与えられる賞である。受賞対象分野は、生物科学、数理科学、地球科学・宇宙科学、生命科学である。

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