第16飛行団（だいじゅうろくひこうだん）は、日本陸軍の飛行団の一つ。1944年（昭和19年）4月に第51戦隊、第52戦隊（共に四式戦闘機装備）を指揮下に置き設立される。1944年（昭和19年）9月留守教育隊を残置しフィリピン戦線に転戦。第30戦闘飛行集団隷下。1944年（昭和19年）11月末隷下51,52戦隊長の戦死など戦力を消耗し戦力回復のため防府に帰還。直後に下館に移駐。

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