藤吉 好則（ふじよし よしのり、1948年 - ）は、日本の生物学者。理学博士（京都大学）。名古屋大学細胞生理学研究センター長、教授。専門は、生物物理学、構造生理学。岐阜県岐阜市出身。極低温電子顕微鏡の開発を通じて、膜タンパク質の構造解析を可能にし、その構造の解明に貢献した。これまでの主な業績として、バクテリオロドプシン、アクアポリン、アセチルコリン受容体の構造と機能の解明。

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