発酵食品（はっこうしょくひん）とは、食材を微生物等の作用で発酵させることにより加工した食品である。冷蔵庫などの存在する以前から、保存食として、または風味を改良したり食品の硬さを柔らかくするといった目的でも行われる。納豆、醤油、味噌、漬物、鰹節のように日本の伝統的な食品に見られる。このことは日本だけでなく、パンやヨーグルト、紅茶、キムチなど世界でも伝統的に利用されてきた。また穀物や果物を発行させて製造される酒は、アルコールが殺菌作用を持つが、同時に精神作用を持つ飲料である。発酵は、近代における微生物学など科学の発達によって、主に微生物などの働きであることが理解されるようになってきたものの、古くは「理由はわからないが所定の工程を行うことで概ね同じような状態に変化する」という現象を利用することで連綿と行なわれてきた。このため、一概に発酵食品とはいっても微生物の存在が理解される以前から行なわれていることにも絡んで、微生物の作用以外に酵素の働きによるものや生物の自己消化（→自己融解）作用による変化などもその類型に収まる。発酵食品の製造では、所定の微生物が働きやすく、逆に望まれない微生物（いわゆる雑菌）の繁殖が起きないよう、温度、湿度、空気、液体の成分などの環境を整えてやることが行なわれる。これによって、所定の微生物だけが食品の加工を行うことになるが、これと同時に腐敗など食用に適さない状態変化を起こすことが防がれ、結果的に保存性が高まる。このため発酵食品の一部には、冷蔵庫など食料保存に便利な道具の発達以前より、食料資源を長く持たせるための保存食としての側面も見られ、こと乳酸菌による乳酸発酵では発酵の過程で生産される乳酸が雑菌の繁殖を抑えるため、比較的様々な地域に根付いた郷土料理中に乳酸発酵による発酵食品が見出される。また発酵食品は、そのままでは硬さや成分の点で食用が難しかったり、風味の面で素材そのままでしかなかったものを、微生物に分解させることで食用に適するようにしたり、新たな風味を創出するという意味がある。良くある発酵食品の方向性としては、タンパク質を分解させてアミノ酸とし、これがうまみを中心とした食品の風味となるもの、あるいは糖（炭水化物）を分解させアルコールにする（アルコール発酵）などが見られる。なおアルコール発酵の過程では、ビールやウイスキーに見るように、麦芽に含まれるアミラーゼによって糖化する工程が含まれ、この段階では微生物ではなく植物自身が作り出した酵素によって加工が成されている。なお、発酵食品の範疇からは外れるが、自己消化の作用は食肉の熟成段階でも利用されており、適切な温度・湿度管理と所定の期間を置くことによって、屠畜直後とは異なる風味を持つようになる。これを積極的に行う乾燥熟成肉も一般的に食べられている。蒸米や蒸麦に種麹を与え、40時間ほどおくと麹菌が増殖し、米麹や麦麹となるが、こうした麹には各種の酵素、プロテアーゼ、アミラーゼ、リパーゼなどが蓄積される。発酵とは、これらの酵素が、食品中のたんぱく質をペプチドやアミノ酸へと分解して旨味となり、炭水化物を乳酸菌や酵母が利用できる糖へと分解し甘味となり、独特の風味となっていく。発酵食品は人類の歴史において、有史以前から存在していた長い歴史がある。現時点で確認されている考古学的に最古の発酵食品は、約8000年前のコーカサス地方のワインである。また、イランでも約7000年前のワインを作成した証拠が確認されている。カッコ内は発祥地もしくは特産地(以下同様)

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