第12回日本フットボールリーグは、2010年3月14日から同年11月28日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。ガイナーレ鳥取が初優勝を果たした。第12回JFLの参加クラブはは以下の通りである。このうち松本山雅FC、栃木ウーヴァFCおよびツエーゲン金沢が前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。前期終了時の上位3チームに第90回天皇杯の出場権が与えられる。各試合において勝利チームに勝利チーム賞5万円を支払う。2011年度からのJリーグへの加盟申請を行っていた準加盟クラブについて11月29日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、1位となったガイナーレ鳥取のJリーグ加盟が正式に承認された。7位の松本山雅FCについては成績面での不備から加盟は見送られた。一方、予備申請を行っていた3位の町田ゼルビアに関してはホームスタジアムの不備 が、5位のV・ファーレン長崎に関してはホームスタジアムの不備と財務面の問題 が指摘されており、結果的に2011年度からの本申請を見送ったため、審議対象とはされなかった。町田は「成績面でのJ2昇格条件を満たしながら昇格できなかった準加盟クラブ」の第1号となった。Jリーグ加盟により1チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。レギュレーション変更により、JFL18位チームのみが地域リーグへ自動降格する事となった。これにより、流通経済大学FCの地域リーグ（関東サッカーリーグ1部）自動降格が決定した。自動降格が適用されたのは、2002年シーズン以来となる。第34回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果、1位・カマタマーレ讃岐と2位・AC長野パルセイロのJFL自動昇格が決定した。レギュレーション変更により、JFL17位のアルテ高崎と第34回全国地域サッカーリーグ決勝大会3位の三洋電機洲本が入れ替え戦を行う事となった。この結果、対戦成績を1勝1分としたアルテ高崎のJFL残留、ならびに三洋電機洲本の地域リーグ（関西サッカーリーグ1部）残留が決定した。JFLチームが入れ替え戦でJFL残留を決めたのは2002年シーズンのジヤトコサッカー部以来8年ぶり2チーム目である。

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