『超劇場版ケロロ軍曹』（ちょーげきじょうばんケロロぐんそう）は、2006年3月11日に公開された、『ケロロ軍曹』初の映画作品。上映時間は約60分。同時上映は『まじめにふまじめ かいけつゾロリ なぞのお宝大さくせん』。2006年8月25日にDVD化され、一般に発売された。また、2007年3月4日に放送された『超特番☆ケロロ軍曹』で初めてテレビ放送された（ただしスタッフクレジットは主要キャストのみだった）。また、すでに台湾・香港・韓国の3か国で上映されている。当作品を井上伸一郎は「信頼」をテーマにしたと語っていた。ある日ケロロは冬樹と大好きなガンプラを買いに出掛けるが、帰り道で不思議な祠に気付く。ひょんなことから祠に入ってしまうと、そこは不思議な空間が広がっていた。そこで壺の様な物をうっかり割ってしまうが、接着剤で何とか直す。だが大事なパーツを壺に付け忘れていた。それを見た二人は怖くなって逃げるように帰った。恐ろしい事が起こり始めていると言う事も知らずに…。その日からケロロ達に不思議なバツ印が付いた。印が付いた人はテレパシーが使えるらしい。人々はこれは新人類の誕生とし大いに喜んだ。ケロロはこれこそ侵略のチャンスと思い立ち、印をタママ・ギロロ・モアに付け、クルル曹長にテレパシー増幅マシーンを作るよう命じた。しかしその後、人々は悪意の気持ちしか伝わらなくなってしまい、さらに近くにいる者の心の声が強制的に聞こえるようになってしまう。学校はおろか街中にまで影響が出始め、人間不信で引きこもる人が急増してしまった。夜になっても街中の電気が消えたまま。この異変に冬樹と夏美が気付き始めた頃、ケロロは増幅マシーンを使って侵略を開始しようとしていた。その時謎のケロン人ミララが土偶のような乗り物に乗って出現する。そして人々が引き篭もり出したのはキルルという、ケロン人が製造した最終古代兵器の影響だと冬樹達に告げる。ミララによると、キルルに勝つには友情と信頼が必要不可欠だとの事。この発言に対し、ケロロは友達同士である自分たちにはそれがあると言った。が、ミララがケロロの侵略兵器（増幅マシーン）のことを言い出した事でケロロと冬樹の仲が悪くなってしまう。そうこうしているうちに、人々のネガティブな感情をエネルギーとして吸収したキルルが巨大に成長して出現してしまう…。詳細はケロロ軍曹の登場人物一覧を参照。2006年3月9日放送分の『おはスタ』において映画版の告知のためケロロ・タママ・ギロロの3人の着ぐるみが登場した。今までおはスタに登場した作品は基本的に小学館の雑誌（『月刊コロコロコミック』・『週刊少年サンデー』・『ちゃお』）関連のキャラクターしか出ていなかったが、今回初めて出版社（ただし、提供クレジットに角川ヘラルド映画が入っている）が別のアニメが取り上げられた。また、ケロロが出ると言うことでその日に限りスタジオに本来は番組内では取り上げないガンプラがおかれていた。本作では同時上映の『まじめにふまじめかいけつゾロリ なぞのお宝大さくせん』のキャラがゲストキャラとして登場した。 ゾロリ（声：山寺宏一）とイシシ（声：野沢雅子（愛河里花子の代役））とノシシ（声：くまいもとこ）の3人が登場したが喋ったのはゾロリだけだった。同様に『まじめにふまじめかいけつゾロリ なぞのお宝大さくせん』の方にもケロロ小隊がゲストキャラとして登場した（ケロロ小隊全員が登場し、一言ずつ喋った。本編での扱いから去り際にクルルが「スペシャルゲストの扱いじゃないな。」と言っていた）。ゾロリ映画におけるゲストキャラであるケロロ小隊は全員が一言ずつ喋ったため、約1分近くゾロリワールドに滞在したが、ゾロリはケロロワールドでは約10秒ほどですぐに退場になった。また、ケロロ小隊はゾロリ映画の最後（スタッフロールの最後の方）でもう一度登場（宇宙船に乗っていたので台詞のみ）したが、ケロロ映画の最後にゾロリは出てこなかった。また両方ともエンディングのスタッフロールでクレジット（スペシャルサンクス 劇場版ゾロリエンターテイメント製作委員会）が表示された。この作品には原作者吉崎観音の書いた草案が存在する。その内容は、コミックス13巻に収録されている。劇場版との違いは以下の通り。

出典:wikipedia