2009年のマレーシアグランプリは、ロードレース世界選手権の2009年シーズン第16戦として、10月23日から25日までマレーシアのセパン・インターナショナル・サーキットで開催された。すでにタイトルが決定している125ccクラス決勝では、新チャンピオンのフリアン・シモンが2戦連続でブラッドリー・スミスとのマッチレースを制し、シーズン6勝目を挙げた。またスミスはこのレースでシリーズランキング2位を確定させた。250ccクラスは、ポールポジションからスタートしたポイントリーダーの青山博一がランキング2位のマルコ・シモンチェリとのバトルを制してシーズン4勝目を挙げ、21ポイント差を付けてチャンピオン獲得に王手をかけた。シモンチェリは終盤はエクトル・バルベラと2位を争った結果、第14戦ポルトガルGPと同様に同着判定となり、2分8秒087がレース中自己ベストタイムのバルベラが2位、2分8秒244がベストのシモンチェリが3位という結果になった。3戦連続の転倒に終わったアルバロ・バウティスタはランキング4位に落ち、タイトル獲得の可能性が消えた。250cc決勝終了後にセパンはスコールに見舞われ、MotoGPクラス決勝は36分遅れでウェットコンディションでのスタートとなった。療養欠場から復帰後、絶好調を維持しているケーシー・ストーナーが2連勝でシーズン4勝目を挙げた。ポイントリーダーのバレンティーノ・ロッシは3位に入り、ランキング2位のホルヘ・ロレンソとのポイント差を41に広げたことから、自身通算9度目のワールドチャンピオンを確定させた。* 同着判定。規定により、バルベラがレース中により速いラップタイムを出したことから2位。

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