函館運輸所（はこだてうんゆしょ）は、北海道函館市にある北海道旅客鉄道（JR北海道）函館支社の車両基地および乗務員区所である。函館駅構内にある本所（ほんじょ）と、五稜郭駅に隣接する青函派出所（せいかんはしゅつじょ）から成る。本所には主に函館本線（函館駅 - 長万部駅間）と江差線（全線）の普通・快速列車で運用される気動車のほか、特急列車で運用される電車・気動車が配置される。また、函館支社の車掌・運転士が所属している。当初は函館機関庫として発足したが、後に函館運転所に改称し現在に至る。青函派出所は日本貨物鉄道（JR貨物）五稜郭機関区に所属するED79形電気機関車の留置・仕業検査・交番検査・台車検査を受託しており、また函館地区で折り返すEH800形電気機関車の留置も行われる。1988年（昭和63年）の津軽海峡線開業に伴い青函運転区として発足したが、2002年（平成14年）に函館運輸所に統合され、同所の青函派出所となった。2015年度まではJR北海道所属のED79形8両も配置されていた。なお、統合前の所属略号は「青函」（＝青函運転区）だった。2016年4月1日現在の所属車両は以下のとおり。なお、所属車両の略号は旅客車両が「函ハコ」（函館支社＝函+函館＝ハコ）、機関車が「函」。車両は全て本所に所属している。

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