2010年（平成22年）6月4日、鳩山由紀夫内閣が総辞職し、同日に行われた民主党代表選挙で新代表に選出された菅直人が内閣総理大臣に指名された。天皇による親任式（任命式）が6月8日に行われたため、前内閣が総辞職後も職務執行内閣として約4日間、内閣の職務を執行した。村山内閣の村山富市日本社会党委員長（当時）以来16年ぶりに自由民主党の在籍経験を有さない首相が誕生した。菅内閣では、鳩山内閣で設置された副総理が置かれていない。また、仙谷由人特命担当大臣が内閣官房長官に起用され、野田佳彦財務副大臣が財務大臣に、山田正彦農林水産副大臣が農林水産大臣に、それぞれ昇格した。千葉景子法務大臣は7月の第22回参議院議員通常選挙で落選したため、結果的に民間人閣僚となった。なお、国会議員を親に持つ閣僚は、中井洽国家公安委員会委員長のみに留まった。鳩山内閣17名の閣僚の内11名が再任されたために居抜き内閣と位置付けられたものの、野田佳彦、玄葉光一郎、村田蓮舫ら小沢一郎前民主党幹事長と距離を置く人物が新たに入閣したため、前内閣よりも「脱小沢」色が鮮明な内閣とされた。仙谷はこの内閣を「若さと清新さ、仕事大好き内閣」と評し、菅は「奇兵隊内閣」と名付けた。内閣発足から34日目で参議院通常選挙の投票日に入ったのは、歴代最短記録である。野党第1党の谷垣禎一自由民主党総裁は、「メンバーをみていると、今まで以上に左翼的な色彩を持った政権になるのではないかという危惧を持っている」と批判し、野党第2党の山口那津男公明党代表は、「菅内閣は『廃材を集めた仮設内閣』。鳩山内閣が学級崩壊状態といわれた渦中で、火中のクリをひろうまいとしてだまっていた菅が首相になっても何か期待ができるのか」と批判した。また安倍晋三元首相は、「史上まれにみる陰湿な左翼政権」とし、麻生太郎元首相も「市民運動といえば聞こえはいいが、これだけの左翼政権は初めてだ。対立軸がはっきりした」と批判した。石原慎太郎東京都知事は、菅内閣について「今度の菅内閣、あれも極左だから」、「極左だから同じこと言うし、もっとすごいことやるかもしらねえが、地方に限って（外国人に）参政権を与えるって。どうなんですかこれ」と批判。2010年（平成22年）8月10日、菅内閣は韓国併合100年に当たる節目の年として、韓国への謝罪を盛り込んだ談話を閣議決定として発表した。しかし、この談話は基本的に村山談話を踏襲するものであり、韓国側に強い不満を与えることとなった。また、日韓基本条約で解決した諸問題を蒸し返す結果となり、日本は韓国から、改めて謝罪と賠償と行うことを求められた。さらに、第二次世界大戦で日本と敵対した中国や、韓国と同じく日本に統治されていた台湾からは、韓国のみに謝罪する談話に不満の声が上がった。北朝鮮は「村山談話や小泉談話より後退したものであり、わが国に対する国権強奪を認めず、謝罪も賠償もしようとしない強盗さながらの本性が潜んでいる」と非難した。また、従軍慰安婦問題に触れていないことから、韓国挺身隊問題対策協議会は「過去の過ちを振り払い未来志向的関係を築くとの日本政府の中身のない言葉遊びを改めて確認することができた。」と痛烈に非難した。また、日本国内からも「謝罪外交」「後ろ向きな談話」「既に解決済みの問題を蒸し返す」などの批判が上がり、櫻井よしこなどのジャーナリストは菅の外交を「素人集団外交」と評した。中国メディアは、菅談話は日本・韓国・北朝鮮のいずれの国からも不満を招いているとして、「菅直人首相は、朝鮮半島を併合したことに対して、まさか、日本、韓国、北朝鮮の“3方向”から強烈な“お叱り”に遭うとは思っていなかっただろう」と報道、談話における関係国や周辺国、そして日本国内での低い評価を紹介した。さらに、韓国政府はこの談話を訳するとき、朝鮮半島由来の文化財を「お渡しする」とした表現を意図的に「返還」に改竄していたが、これに岡田克也外相は抗議しない考えを表明した。産経新聞は、懸念されていた「謝罪外交の悪循環」が早くも露呈したと批判した。2010年（平成22年）8月、アメリカ経済への減速懸念から円が大量に買われ続け、8月11日には15年ぶりとなる1ドル84円台に突入。それに伴い、日経平均株価も続落した。この急激な円高および株価下落は、自動車・電機メーカー各社にとって最大のリスク要因として浮上し、日本自動車工業会の志賀俊之会長は政府・日本銀行に早急な対策を要望したが、菅首相は夏季休暇を続行、具体的な指示も出さず、首相官邸は休業状態が続いた。首相は従来より、「強い経済」「強い財政」「強い社会保障」を内閣の目標に掲げているが、強いメッセージは何も打ち出せていないとサンケイビズは指摘した。このような状況に対して、民主党の「デフレから脱却し景気回復を目指す議員連盟」は、早急かつ徹底的な円高対策を求める緊急声明を発表し、政府・日銀に対して対策を要望した。2010年9月15日、円高是正のため為替介入を実施した。千葉景子法務大臣は、2010年（平成22年）7月11日の第22回参議院議員通常選挙において、神奈川県選挙区（定数3）で次点となり落選した。しかし法務大臣を退任することなく、そのまま続投した。国民の審判である選挙に落選した政治家が、閣僚の座にとどまることに対しては異論が多く、野党などから批判が出た。千葉は落選から68日後の2010年9月17日に退任するまで、民間人閣僚として49日間在任した。国政選挙で落選した閣僚が職務を続けたそれまでの最長記録である第4次吉田内閣の林屋亀次郎（落選から27日後の退任・民間人閣僚として19日間在任）を大幅に更新した。2010年7月28日、千葉は就任後初となる死刑執行命令を行った。仙谷由人官房長官らは死刑執行について千葉が法に沿って適正に行ったとしている。一方、千葉が所属していた「死刑廃止を推進する議員連盟」のメンバーは「千葉氏は大変な変節をされた」と批判した。また8月2日の衆院予算委員会で「国民の支持目当て」と指摘されたが、千葉はこれを強く否定した。菅は2010年8月3日の衆議院本会議で大来佐武郎は1977年参院選の全国区で落選したが、2年後の1979年に民間人閣僚として外務大臣に就任したという過去の例を取り上げ、現職閣僚として落選した千葉の閣僚続投については、国政選挙の当落や議員資格の有無に関わらず大臣に適任だからであるという旨の答弁をした。2010年（平成22年）9月7日、尖閣諸島近海で、海上保安庁の巡視艇と中国の漁船が衝突する事件が発生した。海上保安庁は、中国漁船側が故意に巡視艇にぶつかったと判断、船長を逮捕し、船を拿捕した。中国は尖閣諸島の領有を主張していることから、乗組員と漁船を返すよう強硬に主張した。日本側は尖閣諸島は日本固有の領土であり、領有問題そのものが存在していないとの立場から、これを拒否。中国は、駐中国大使の丹羽宇一郎を呼び出し、厳重抗議を行った。丹羽は同じ問題で5度も中国に呼び出されている（うち1回は深夜で、外交上非常に無礼な行為とされる）。また、中国では、天津の日本人学校に鉄の塊を学校に向けて撃ち込んで窓ガラスを破壊する事件が発生、さらに同学校には「中国の国民は、侵犯を許さない」という中国語の落書きが書かれる事件も発生した。日本は9月24日に船長を釈放したが、これに対して野党や国民の間からは弱腰外交との批判が出た。アメリカのウォール・ストリート・ジャーナルは「ネット上の意見を見る限り、日本は完全な敗者」と指摘した。発足からの1カ月で内閣支持率が20%以上下降したことから、夕刊フジは「ジェットコースター内閣」と揶揄している。

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