この項では動物の胚発生において内胚葉・中胚葉・外胚葉が内臓に発達する過程としての動物の器官形成（どうぶつのきかんけいせい、、-器官発生とも訳される）について述べる。（原語の "organogenesis" はギリシャ語で「それによって機能が実現するところのもの」を意味する "όργανον" と、「起源、創造、発生」を意味する "γένεσις" の複合語である。）人間の場合、着床から3-8週のうちに内臓の発達が始まる。脊索動物の場合、この段階の初期で発達するのは神経管と脊索である。脊椎動物は全て原腸胚から同様に分化する。脊椎動物は神経堤を発達させ、それが骨、筋肉、末梢神経系といった様々な構造へと分化する。体腔は体節の向きに沿って中胚葉から分離形成される。3つの胚葉から形成される各器官は以下のとおりである。

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