第13回全国大学サッカー選手権大会は1964年12月22日から12月27日にかけて開催された全日本大学サッカー選手権大会である。日本大学が初優勝を果たした。自由参加制をとっており、全国から49校（うち3校が棄権）が参加した。準決勝までの試合は35分ハーフで行われる。優勝した日本大学には、第44回天皇杯全日本サッカー選手権大会の出場権が与えられた。

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