連邦軍微生物学研究所（れんぽうぐんびせいぶつがくけんきゅうじょ、ドイツ語：Institut für Mikrobiologie der Bundeswehr、略称：InstMikroBioBw）は、救護業務軍連邦軍衛生局に所属する生物兵器に関する研究機関。バイエルン州ミュンヘンに所在している。生物兵器に関する専門知識について良好な国際評価を得ている。研究所は1966年に連邦軍衛生部隊学校・微生物学研究グループとして、ミュンヘンにて設立される。研究所本体としては1984年に連邦軍細菌学研究所として設立する。当初、本研究所は連邦軍微生物学研究所および連邦軍放射線生物学研究所とともに連邦軍医科大学校の附属機関であった。こんにち、三つの研究所は連邦軍衛生局の直轄となっている。

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