第45回全国大学ラグビーフットボール選手権大会は2008年12月20日から2009年1月10日にかけて開催された全国大学ラグビーフットボール選手権大会である。早稲田大学が2年連続15回目の優勝を果たした。第45回全国大学ラグビーフットボール選手権大会の組合せは公開抽選会で決定した。1回戦で早稲田大学－関東学院大学、帝京大学－慶應義塾大学と優勝候補のチームが激突した。注目の1回戦を制した早稲田大学と帝京大学が決勝に勝ち上がり、早稲田大学が関東大学対抗戦の雪辱を果たし20-10で勝利。5回目の2連覇を達成した。

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