航空総隊司令官（こうくうそうたいしれいかん、Commander in Chief of the Air Defence Command）とは、航空自衛隊航空総隊の指揮官で、防衛大臣の指揮監督を受け、航空方面隊及び南西航空混成団の隊務を統括する。空将の階級にある自衛官が充てられ、陸上自衛隊の各方面総監、海上自衛隊自衛艦隊司令官及び横須賀地方総監、海上保安庁海上保安監とともに政令で規定される指定職5号の役職で、航空自衛隊では航空幕僚長に次ぐ事実上第2位の地位にある役職である。1961年（昭和36年）6月12日、自衛隊法の一部改正（昭和36年法律第126号）により、航空総隊司令から航空総隊司令官に改称された。2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災においては災統合任務部隊（JTF-TH）指揮官・君塚栄治陸将の指揮下、航空自衛隊災害派遣部隊を統括した。また、ミサイル防衛では、航空総隊司令官が海上自衛隊のイージス艦をも含めたBMD統合任務部隊の指揮官を兼務する。

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