菩提寺（ぼだいじ）は、代々その寺の宗旨に帰依して、（先祖の）位牌を納めてある寺。菩提所とも呼ばれる。ここでいう菩提とは「死後の冥福」を指し、菩提を弔う寺院という意味である。例えば、徳川家の寛永寺や増上寺が有名。古代･中世では一般的に氏寺と呼ばれていた。香華院（こうげいん）は、仏前に香や花を供える役割を担う寺院のこと。香華寺（こうげじ）や香華所（こうげしょ）とも呼ばれる。陵墓・霊廟・墓所などに隣接して置かれる。例えば、皇室の陵墓に隣接する泉涌寺、伊達政宗の霊廟「瑞鳳殿」に隣接する瑞鳳寺などがこれにあたる。檀那寺、旦那寺（だんなでら）は、檀信徒（檀家）の布施、すなわち檀那（旦那）によって運営される寺のこと。本来の意味では信徒と寺との経済的関係を示しているに過ぎないが、江戸時代に寺請制度によって個人は必ず1つの寺に管理されるようになり、多くの庶民は経済的支援をする寺と先祖の墓を管理してもらうそれが一致するようになった。いずれの名称も祖先崇拝における祖霊の在所となる墓等を管理する仏教寺院を指しているが、寺院と生きている子孫との関わり方によって名称が異なる。寺号（寺院名）として「菩提寺」を称する寺院がいくつかある。

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