株式会社フラグシップは、かつて存在したコンピューターゲーム開発会社であり、ゲームクリエイターの岡本吉起によって設立された。株式会社カプコンの子会社で、任天堂やセガなども出資していたが、後に任天堂とセガは資本を引き上げ、カプコンの完全子会社となった。ゲームシナリオの開発を中心業務としており、『バイオハザード』や『ゼルダの伝説』、『星のカービィ』などのシリーズ作品の開発に携わっている。東映の特撮に関わった脚本家やデザイナーなどが多く関わっていた。1997年4月24日に設立され、2007年6月1日にカプコンに吸収合併される形で解散した。

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