自衛隊病院（じえいたいびょういん）とは、防衛省が設置・運営する陸・海・空自衛隊の共同機関であり、自衛隊中央病院や各自衛隊管轄下の自衛隊地区病院の総称。共同機関以外に防衛省が設置する病院として防衛医科大学校病院がある。共同機関の自衛隊病院には自衛隊中央病院と陸・海・空それぞれの幕僚長指揮下の自衛隊地区病院（15病院）がある。基本的に利用対象者を防衛省職員（自衛官及び、事務官・技官）とその家族、つまり防衛省共済組合の被保険者に限定している（中央、札幌、福岡の3自衛隊病院では、2006年10月から、前述の防衛省職員・家族以外の一般外来受診を開始し、防衛医科大学校病院、自衛隊横須賀・富士・阪神 病院も一般外来受診を行っている）。陸海空の管轄に関わりなく最寄の病院で受診できる。各基地や駐屯地からは職員送迎のための車両が定期運行されている。また、防衛省（旧防衛庁・防衛施設庁を含む）及び自衛隊を退官した者も診察券を所持していれば受診が可能である。院内で診察・治療・看護・研究等にあたる者も同様に防衛省職員である。すなわち、自衛隊病院の医師・歯科医師の殆どが自衛官（防衛医官）であり、看護師も多くが隊内で養成した自衛官である。病院長は将または将補、もしくは1佐の階級にある自衛官並びに医療職技官をもって充てられる。自衛隊中央病院では、防衛医科大学校と連携して医師臨床研修を受け入れており、中央病院、横須賀病院・岐阜病院では歯科医師臨床研修の受け入れも行っている。ただし、臨床研修の対象を自衛官（防衛医官）採用者に限っている。2009年、防衛省は全国に16カ所ある自衛隊病院を10カ所に集約した上で、現在は一部に限定している自衛隊関係者以外の一般国民の利用をすべての病院で認めることを決めた。具体的な時期は今後検討するとしている。自衛隊病院は総合病院に匹敵する診療科を具える病院が殆どであるが、利用者が自衛隊関係者に限定されていることに加えて、有事に負傷者を収容することを前提として、常に一定の空きベッドを確保して運営されている。非効率な運営を改めるため、2008年に財務省が一般開放などを要請。防衛省も患者が増えることは医官の技術向上にも役立つと、2008年11月に省内に委員会を設け見直し作業を本格化させていた。委員会では、いくつの病院を一般開放するか、地元医師会の意向も聞きながら検討。既に開放している病院でも利用率が上がらない（中央病院でさえ平成16年度外来患者数が延べ約13万人と、同規模の公私病院の約2分の1の患者数：平成17年度政策評価書）ことから、どうすれば一般患者が使いやすい病院になるかや、地元の医療機関との連携も模索している。近年はへき地医療における医師不足が深刻化していることから、自衛隊病院の医官が地方の公立病院に派遣される例もあり（札幌病院、舞鶴病院など）、へき地医療に対する医師供給源としても重要になっている。入院患者への見舞いに関しては、自衛官身分証明書・防衛共済組合員証等を所持していなくても可能防衛省は平成21年に自衛隊病院の運営について、収支比率が著しく悪い病院では病床数が少ないなどとする分析結果（20年度予算執行調査を基に、全国に16ある自衛隊病院の19年の病床規模別の収支比率などを試算して財政制度等審議会に提出されたもの）を公表した。同省は、病床利用率の改善により収支の改善も期待できるとし、病床数の見直しや、現場によるコスト意識の醸成などの改善が必要だとしている。自衛隊病院全体では、歳入が106億円だったのに対し、歳出は323億円に上っていて、また、入院患者をどれだけ受け入れているかを示す「病床利用率」は28%で、自衛隊病院以外の76%（07年病院運営実態分析調査の概要＝全国公私病院連盟）を大きく下回った。自衛隊病院全体の改善の方向性として財務省は、▽収支データの収集分析を続け、コスト意識を醸成する、▽地域にあった医療を提供することができるよう各病院の位置づけを見直す、▽一般の患者を受け入れる「オープン化病院」への移行を推進し、地域医療に貢献する―ことなどを提案した。また、同年度の人件費が歳出全体の87.8%を占め、歳入の5.59倍に上った自衛隊病院もあり、収支の悪い病院で人件費の負担が重く、財務省では「統廃合を含む抜本的な見直しが必要」だと指摘している。自衛隊病院では、自衛官は私傷病でも自己負担なしに診療を受けられる一方、俸給の1.6%があらかじめ控除されているが、事務官の場合には私傷病であっても自己負担も更に俸給からの控除もなく（他省庁の事務官にはそのような私傷病の医療費無料の制度はない）、国民の理解が得られないとして財務省は「改善が必要」としている。なお、防衛事務官に対するこの制度は平成22年4月1日から自己負担3割になった。しかし医療費の計算方法は一般国民・他省庁の公務員が1点10円で計算されるのに対し、自衛隊病院において防衛省職員等は1点7円で計算される。即ち一般国民に比べて3割引であり、その差額は公費によって賄われる。自衛隊員が部外医療機関を利用する件数は、外来で自衛隊病院の3倍、入院についても全自衛隊病院の50%を越えるに至っている。部外診療委託費のうち10万点（100万円）を越える高額医療は、年々増加傾向を示し、平成18年度595件、平成19年度719件、平成20年度は3/四半期までで653件となっている。これらの高額医療を必要とする疾患の内訳として、心臓疾患（15%）、白血病（10%）の順となっている。また、自衛隊病院ではなく部外の医療機関に受診している傾向が強い傷病は、感染症等（ウィルス肝炎等）、新生物（癌等）、血液及び造血器の疾患（免疫障害等）及び循環器系疾患（心筋梗塞等）である。自衛隊中央病院の指揮監督は防衛大臣が陸上幕僚長を通じて行う体制であり、病院長は各自衛隊の医官（自衛官）から転官した防衛技官が就任している。15病院（陸：7院、海：5院、空：3院）が設置されている。また、入間市の入間基地隣接地に1病院が計画中となっている。海上自衛隊員の集中する主要な基地は、地方総監部の所在地となっているので、各地方総監部所在地に1つずつ、海上幕僚長の指揮監督を受ける自衛隊病院が置かれている。

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