瀬戸内海区水産研究所（せとないかいくすいさんけんきゅうじょ）は、独立行政法人水産研究・教育機構の研究所の一つ。瀬戸内海における水産と、瀬戸内海のような閉鎖性水域に特徴的な環境問題（赤潮など）に主眼を置いている。漁業調査船しらふじ丸（広島港）を擁する。略称は瀬水研、瀬戸内水研。以下の4部構成となっている。

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