第16師団（だいじゅうろくしだん）は、大日本帝国陸軍の師団の一つ。兵団文字符は垣。軍隊符号は16D。1905年（明治38年）7月18日に京都で編成された帝国陸軍の師団である。日露戦争で日本は既存の師団総てを動員した為、本土駐留師団がなくなる事態となった。そこで第16師団を含む4個師団が創設された。第16師団の他、1905年（明治38年）4月1日に第13師団と第15師団が、同年7月6日に第14師団が編成されている。第16師団は直ちに満洲に派遣されたが、戦闘は概ね終結しており9月5日には講和条約（ポーツマス条約）が締結された為、実戦には従軍していない。1907年3月28日、師団司令部は大阪府泉北郡高石村に移転した。1908年10月30日、師団司令部が京都府紀伊郡深草村へ移転し、同年11月1日より事務を開始。1918年7月1日、兵器部が師団司令部内に移転し事務を開始。1919年（大正8年）から師団は満洲駐剳を命ぜられた。その後一旦帰国するが、1929年（昭和4年）と1934年（昭和9年）にも満洲駐剳任務に就いた。1935年（昭和10年）6月28日深夜からの豪雨で京都市内を流れる鴨川など河川が氾濫、堤防決壊284ヶ所、50ヶ所以上の橋が流され、市内の浸水面積は37.2平方kmにも及んだ。京都府の救援依頼を受け歩兵や師団工兵隊など1,023名が出動、救助活動・堤防防備・架橋の復旧に従事した。29日午前10時に竹田堤防決壊防備と救助に出動。さらに七条大橋防備・淀方面・勧進橋方面・鴨川沿岸などに配置、翌30日には倒壊した五条大橋の仮橋の仮設・観月橋下流の護岸工事に出動した。1937年（昭和12年）7月に支那事変（日中戦争）が勃発すると、師団は西尾寿造中将の第2軍戦闘序列に編入され華北戦線に投入、同年11月上海派遣軍隷下上海戦線に転じ南京攻略戦に参戦した。1938年（昭和13年）1月から北支那方面軍隷下徐州会戦に参戦し、同年7月再び第2軍隷下となり武漢作戦に参戦、12月には第11軍に編入された。翌1939年（昭和14年）8月に復員する。この時豊橋の歩兵第38連隊が新設の第29師団に編入されることになり、第16師団は三単位制師団に改編された。また、それまでは第16師団は京都を衛戍地とする常設師団であったが、1940年（昭和15年）7月に師団の衛戍地が満洲となり、永久駐屯することが決まった。大東亜戦争（太平洋戦争）では1941年（昭和16年）11月6日に第14軍戦闘序列に編入され、緒戦のフィリピン攻略に参戦し、マニラ陥落後フィリピンに駐屯した。1944年（昭和19年）8月からは第35軍隷下となりレイテ島に移駐、この年の10月20日に連合国軍がレイテ島に上陸し、大本営はレイテ島での決戦を予定したが第16師団は壊滅した。当初13,000名で臨んだレイテ決戦も生還者は僅か620名で、3人の連隊長が戦死しており、師団長牧野四郎中将も1945年（昭和20年）8月10日に自決した。師団司令部ならびに一部の隷下部隊・施設は京都市伏見区内に設置されていた。1908年（明治41年）に完成した師団司令部庁舎および周辺の陸軍用地は、戦後の1948年（昭和23年）に学校法人聖母女学院が聖母女学院本館（法人本部）として、また師団練兵場は龍谷大学・京都府警警察学校が利用する。師団隷下部隊である輜重兵第16連隊の門柱・門・哨舎は2010年（平成22年）、市民運動によって京都教育大学敷地内に移設されたものの、師団司令部門柱などは同年前後頃に、1918年（大正7年）築の師団長官舎は1990年代末に解体されている。京阪電鉄藤森駅は開業当初師団前という名称であった（1941年（昭和16年）に現名称に改称）。 この藤森駅付近の師団街道・第1軍道・第2軍道・第3軍道と呼ばれる道路や、琵琶湖疏水に架かる師団橋という橋梁も第16師団の設置に伴い整備された（橋脚には帝国陸軍の象徴である星章（五光星）の意匠が施されている）。また京阪電鉄が開通時、踏切が訓練の支障になると京阪本線を跨ぐ高架橋が3箇所に設置された。

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