二次代謝（にじたいしゃ）とは、生物自身が生合成し、生物が生育する上で必要不可欠ではない（と考えられていた）代謝経路および低分子化合物のことであり、有名なものとして抗菌物質や色素などが挙げられる。二次代謝は様々な生物種が行っており、様々な生理活性を持つものがある。代表的な二次代謝産物として、テルペノイド系化合物、ポリケタイド系化合物、アルカロイド化合物などがある。

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