1998年のJリーグは、3月21日に開幕、11月14日にリーグ戦の日程を終了し、11月21日・11月28日にチャンピオンシップが行われた。優勝は1stステージがジュビロ磐田、2ndステージが鹿島アントラーズで、チャンピオンシップにより決定された年間総合優勝は鹿島アントラーズ。1998年シーズンのJリーグのクラブは以下の通り。昨シーズンのジャパンフットボールリーグで準会員かつ上位2位までに入ったコンサドーレ札幌が新たに加わり、計18クラブとなった。参加クラブ数が再び偶数となったため、全クラブが毎節試合を行い、1回戦総当たり（17節）×2ステージの全306試合が行われる。試合開催方式そのものの変更点はない。翌シーズンから新たにリーグを2部制とし、Jリーグ ディビジョン1(J1)を16クラブとするため、シーズン終了後にJ1参入決定戦が行われた。1998 FIFAワールドカップ開催により、1stステージ第12節の5月9日から第13節の7月25日までの期間、インターバルが設けられた。1stステージは第13節終了時点で磐田・清水・川崎・鹿島・横浜Mの5チームが勝ち点で並ぶという混戦状態になり、そこから4連勝で締めくくった磐田と清水が抜け出し、最終的に得失点の差で磐田がステージ優勝。2ndステージは第10節終了時点で鹿島・磐田・浦和・横浜M・名古屋の5チームが勝ち点差2の中にひしめく状況となり、そこから連勝で抜け出した鹿島と磐田の一騎討ちとなる。第15節で両チームが直接対決し、鹿島がマジーニョのゴールを守り切って勝利。第5節から10連勝で磐田を振り切ってステージ優勝を果たした。一方、2ndステージ終盤の10月29日、横浜Mと横浜Fの合併が報じられ、同日のJリーグ理事会で承認される。横浜Fの親会社である佐藤工業が経営難からクラブ運営からの撤退を表明、もう一社の親会社である全日本空輸が単体でのクラブ運営に難色を示し、これに対して横浜Mの親会社である日産自動車が救済の手をさしのべたものであるが、地域密着を掲げて誕生したJリーグが皮肉にも実業団同様に親会社の論理で合併（事実上の消滅）となる事態となった。この日以後、横浜Fはリーグ戦4連勝で締めくくり、最終順位は2ndステージ・年間勝ち点とも7位であった。また、この年の年間勝ち点での下位3クラブは市原・神戸・福岡であったが、J1参入決定戦のレギュレーションの結果、J2参入（事実上の降格）となったのは年間14位の札幌であった。年間勝ち点の下位クラブが残留し、それよりも上位のクラブが降格する事例はこの年のみである。なお、札幌は本来の本拠地である札幌厚別公園競技場の改修工事のため、第1ステージは主に室蘭市入江運動公園陸上競技場を本拠地にした。また、横浜市の2チームの本拠地が従来の三ツ沢公園球技場に加え横浜国際総合競技場も登録される。この年よりCS放送の放映をジュピターテレコム運営J SPORTSに完全移行。この年開局のディレクTV（サッカーTV・イレブン）にもサブライセンスして全試合をカバーするようになる。開催期間：3月21日 - 8月8日開催期間：8月22日 - 11月14日上位2チームの順位はJリーグチャンピオンシップの結果により確定する。Jリーグチャンピオンシップについてはサントリーが冠スポンサーとなり、サントリー・チャンピオンシップの名称で開催された。合計スコアが4-2となり、鹿島アントラーズが年間王者に決定。J1参入決定戦は、当初1997年シーズンと1998年シーズンの成績をポイント化した下位5チームと、ジャパンフットボールリーグ所属のJリーグ準会員2チームで行われる予定であったが、横浜フリューゲルスが消滅し、ブランメル仙台が参入戦参加資格を得られる成績をおさめられなかったため、Jリーグ下位4チームとJリーグ準会員1チームによって争われた。この結果、市原・神戸・福岡がJリーグ ディビジョン1へ、札幌・川崎のJリーグ ディビジョン2へ参加が決定。

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