公益法人制度改革（こうえきほうじんせいどかいかく）は、2000年から2008年にかけて行なわれた公益法人制度に関する制度改革である。制度改革の目的は、民間非営利部門をして日本の社会経済システムの中でその活動の健全な発展を促進させるために、行政委託型公益法人を含めて1896年（明治29年）の民法で定められていた公益法人制度を抜本的に見直すことにある。すなわち、寄附金税制の抜本的改革を含めて、「民間が担う公共」を支えるための税制の構築を目指すことにある。その前提として法人税制の改革が進められている。この公益法人制度を抜本的に改革するため、2006年3月に「公益法人制度改革関連3法案」が閣議決定され、同年5月に第164回通常国会において法案が成立した。2008年12月から施行され、新制度に移行している。その柱は、法人格取得と公益認定の切り離し、準則主義による非営利法人の登記での設立、主務官庁制廃止と民間有識者からなる合議制機関による公益認定、公益認定要件の実定化、中間法人の統合、既存の公益法人の移行・解散などである。公益法人制度改革関連3法とは、以下の三つの法律から構成される。公益法人認定法別表の23の事業とは、以下の通りである。以下の行政委託型の公益法人については、廃止・縮小の措置を講ずる。2008年1月23日に国会に提出された税制改正案（所得税法等の一部を改正する法律案）においては、新公益法人については以下のような骨子となっている。なお、（公益認定を受けない）一般社団・財団法人については、(1)完全非営利、(2)共益型は収益事業課税、それ以外は全所得課税（「普通法人」）とされている。新公益法人については、本来事業がすべて非課税となるので、従来の特定公益増進法人、認定特定非営利活動法人（認定NPO法人）よりさらに有利な扱いであり、一般社団制度には出資金にあたる基金制度が創設されたこととあわせて、いわゆる社会的企業（ソーシャル・エンタープライズ。「エンタープライズ」は営利企業に限られないため「社会的事業体」と訳されることもある。）の受け皿として最有力になるとする見方が提出されている。また、非本来事業（「収益事業等」）の利益の100%まで非課税の公益目的事業へのみなし寄附が可能となったので、本来事業の赤字を非本来事業の収益事業の黒字で穴埋めするタイプの事業モデルの法人にとっても有利と指摘されている。次のような問題点が指摘されている。こうした実態を踏まえ、旧公益法人時代のように情報公開を行政が制度化すれば悪質な一般社団法人が淘汰されるが、2014年現在の一般社団法人は玉石混淆の状態である。また、2015年7月22日の読売新聞の報道によると、制度における移行期限までに456のみなし公益法人が手続を実施せず解散扱いとなったが、そのうちの9割近くに当たる396の法人が、余った財産などの清算をしていないことが判明しており、財産が行方不明となって闇に消えた可能性が指摘されている。

出典:wikipedia