資格教職課程学校法人敦賀学園理事長は、敦賀市長が勤めるなど私立短期大学でありながら敦賀市との関係が深く、敦賀市は近年の学園運営の厳しさから、短大と同市に所在する敦賀市立看護専門学校とを統合し、新たに看護系の大学(仮称：公立大学法人敦賀大学)の設立を検討していたが、2011年（平成23年）8月30日開催の敦賀市議会敦賀短期大学等調査特別委員会では当初案であった「敦賀短期大学」と「敦賀市立看護専門学校」との統合による公立大学法人の設立ではなく、両校を廃止し、新規に四年制看護系公立大学を設立する方針が説明された。

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